1644年，驾崩。一场激烈的皇位之争展开了。有实力的竞争者有三个人长子、皇太极十四弟睿亲王和第九子福临。其中豪格和多尔衮都是拥有实力的亲王，得到部队中半数的支持。这时福临的生母博尔济吉特氏看中了两红旗旗主礼亲王的辈份和威望具有能够左右大局的力量，便紧紧拉住代善，使两红旗长支持福临。然后又将镶蓝旗拉至麾下。，使多尔衮改变初衷，拥戴福临。幼主福临即位后，多尔衮把持国柄，成为摄政王。
《野史大观》这样记载多尔衮还以的名义向天下颁布诏书皇叔摄政王现在是单身，他的身份、地位和相貌，皆为国中第一人，非常愿意放弃自己的地位嫁给他。“太后下嫁”之说自明末清初即已流传，清末排满时重又复炽。
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至于太后下嫁皇叔多尔衮，一直以来，史学界有着各种不同的看法。有的根本就不承认此事;有的说这件事是千真万确，也是符合传统的。满族入关前由奴隶制向封建制迅速过渡，但还保留着兄死则妻其嫂等遗俗，而且博尔济吉特氏既然要为自己的亲生儿子谋皇位，扩大政治势力是其必由之路，用新的联姻来扩大自己的势力还是符合情理的。至于下嫁时的规模怎么样，有没有向天下颁发诏书，这还需要进一步的考证。一些颇具历史价值的史书确切地记载了这件事。清蒋良骐在《东华录》中记载说，多尔衮“自称皇父摄政王，又来到皇宫内院”。假如太后没有嫁给他，假如他没有以皇父的身份对待顺治帝，那么，他经常出入内院，恐怕是皇室宗亲所不能答应的。而且，多尔衮死后，朝廷破格追封他为诚敬义。
朝鲜《李朝实录》对此事也有记载。书中说，顺治六年二月，清廷曾派使臣到朝鲜递交国书。朝鲜国王李从见国书中将多尔衮称为皇父摄政王，便问道“贵国咨文中有皇父摄政王的称法，这是什么意思?”使臣回答“去掉‘叔’字，是朝中可喜可贺的事啊。他和皇帝就成了一家人。”
《实录》记载说，二十六年十二月，文得了重病，即将死去时，孝庄文对康熙说“太宗文皇帝梓宫，安放在那里已很长时间了，不可因为我而去打扰太宗皇帝的。我迷恋你父皇、皇父及你，不忍远去，所以在附近选一块地安葬了就行了。这样，我也没什么可以遗憾的了。”
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满清讲究帝后合葬，显然，孝庄文皇后是觉得下嫁皇叔多尔衮，愧对太宗，于是就借口说不愿葬得太远，单独就近安葬。孝庄文皇后的要求不合情理，但作为的康熙是亲耳听到孝庄文皇后的遗言的，得遵守，于是他把孝庄的灵柩停放在东陵。到了继承皇位时，才将灵柩葬入东陵地宫。
南明弘光政权的兵部尚书张煌言在《建州宫词》中也讲述了这样一件事实“上寿称为合卺樽，慈宁宫里烂盈门;春宫昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。”这事在当时很可能是尽人皆知的，否则，张煌言也不会这样撰写。四川师范学院图书馆收藏着一部《皇父摄政起居注》，注后有刘文兴写的跋。跋称清宣统初年，内阁库坦妃，家君瑞当时是阁读，奉命检阅库藏，得顺治时太后下嫁皇父摄政王诏。于是，这件事便在整个朝野传开了。
另一方面，20世纪30年代，明清史大师孟森著《太后下嫁考实》，力辩此事全无。也有学者认为张煌言诗，不能作为太后下嫁确证。其诗系远道之传闻，故国之口语，诗非信史，不足为凭。
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而《东华录》所记“皇父”，是清君主对某个臣下的尊称，或是封多尔衮为“皇叔父”后以其定鼎功勋显著，无可进爵，乃以“皇父”为封。“皇父”之于皇帝仍为臣下。而满族旧俗有直呼尊者为父之例，多尔衮前封“皇叔父摄政王”，满文直译为“汗的叔父父王”，这并不表明多尔衮为福临的皇父。
